已有 4044 次阅读 2021-12-15 15:12 |个人分类:科研干货|系统分类:科研笔记

BIOVIA Discovery Studio（简称DS），是基于BIOVIA Pipeline Pilot 构建的面向生命科学领域的综合分子模拟平台。它服务于生命科学领域的实验生物学家、药物化学家、结构生物学家、计算生物学家和计算化学家，应用于蛋白质、抗体结构功能研究，以及药物发现和改造设计。为科学家提供易用的蛋白质、抗体模拟、药物的发现与设计工具。通过高质量的图形界面、经多年验证的科学算法以及集成的分子模拟环境，DS将药物设计中实验数据的保存、管理与专业水准的建模、模拟工具集成在一起，为研究队伍的合作与信息共享提供平台。

BIOVIA Discovery Studio主要包含基本界面和显示模块、蛋白质建模及工程化设计模块、分子力学\分子动力学模拟模块、基于结构的药物发现及设计模块、基于片段的药物设计模块、基于药效团模型药物发现及设计模块、基于小分子药物发现及设计模块、生物大分子X-ray晶体结构解析模块等，同时DS软件具有强大的扩展性，可以对现有Protocol进行流程化的设计及整合。本次首先介绍BIOVIA Discovery Studio基本界面和显示模块。

基本界面和显示模块

Discovery Studio 以生物大分子、配体小分子的设计与模拟为核心，用户可以通过“客户端（client）―服务器（Server）”模式使用Discovery Studio 软件。具有高质量图形界面的可视化客户端，和基于计算的服务器端，为用户提供了数据、工作流程和计算资源共享和合作的分子模拟平台。

Discovery Studio Standalone

可视化界面，是利用Discovery Studio 软件进行分子设计和模拟的基础，支持“服务器（server）- 客户端（client）”安装在同一台机器上的运行模式。与Pipeline Pilot Server结合在一起，提供化学/ 生物学数据显示、动态变化展示、三维作图、动画的输出等显示功能，及许多其它模拟分析功能。

Discovery Studio Client

“服务器（server）- 客户端（client）”运行模式中，软件的可视化客户端。用于访问和使用服务器端的Discovery Studio软件。必须与服务器端配置的Pipeline Pilot Server 协同工作，为用户提供数据、工作流程和计算资源的共享。

Pipeline Pilot Server

“服务器（server）- 客户端（client）”运行模式中，软件的计算服务器端。

Discovery Studio Visualizer

免费的分子结构显示和分析软件，包含Discovery Studio Visualizer Client 的部分显示功能， 但无法与计算服务器Pipeline Pilot 连接。此产品通过注册下载获得。

ActiveX Control

免费的分子三维结构显示插件。适用于Windows 环境，该插件可以帮助用户在IE、PowerPoint 中直接显示和分析分子的三维结构。此产品通过注册下载获得。

Discovery Studio Client显示界面

综上：BIOVIA基本界面和显示模块提供基本的显示界面和分子模拟分析工具，比如来自Harvard大学Dr. Martin Kaplus的经典的分子力学和动力学模拟工具CHARMm。针对CHARMm动力学计算结果提供图形分析，分析和显示蛋白质、蛋白质与配体复合物的分子动力学轨迹文件。通过DS Standalone可视化界面或者命令行两种方式提交并完成计算任务，包括基于CHARMm力场的柔性对接工具CDOCKER。同时基于CHARMm进行蛋白质氨基酸侧链和loop区的优化，提高蛋白质模建结果的合理性等。

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